An optmized protocol for simultaneous extraction of DNA and RNA from soils

Costa, Rodrigo)C.M.) Gomes, NewtonMilling, Annett)Smalla, Kornelia)

Nesse trabalho descrevemos um protocolo otimizado para extração simultânea de DNA e RNA de solo. O tratamento das amostras de solo com etanol e posterior agitação com partículas foi uma estratégia bem sucedida para lise das células sem degradação significativa dos ácidos nucléicos, resultando em bom rendimento de DNA e RNA íntegros. O RNA transcrito pode ser amplificado com iniciadores com alvo no fragmento do gene da glutamina sintetase (glnA). Os fragmentos 16S rDNA, tanto do DNA como do cDNA, foram amplificados e analisados por DGGE. O método foi aplicado para amostras de solo e rizosfera (morango e canola). Dois outros protocolos para extração de ácidos nucléicos de solo foram aplicados para o mesmo lote de amostras, de forma a comparar os métodos quanto à eficiência e reprodutibilidade. Os perfis de DGGE mostraram não haver diferença relevante nos padrões obtidos. O método descrito é apropriado para o processamento rápido de muitas amostras e, conseqüentemente, adequado para estudos ecológicos.

1. nucleic acids
2. rizosfera
3. extração de RNA
4. rhizosphere
5. ácidos nucléicos
6. microbial communities
7. comunidades microbianas
8. RNA extraction