Mitochondrial genomic variation and validation of cytochrome b as a species-level marker in anemonefish (Amphiprioninae)

Somkham, K.Boonphakdee, C.Thamnawasolos, J.Boonphakdee, T.Mataroepayotorn, T.

Resumo A identificação precisa de espécies dentro da subfamília dos peixes-palhaço (Amphiprioninae) é essencial para pesquisas ecológicas, conservação da biodiversidade e regulamentação do comércio de peixes ornamentais. Este estudo apresenta uma análise comparativa de 19 genomas mitocondriais completos disponíveis publicamente de 11 espécies de Amphiprioninae, incluindo múltiplas linhagens de Amphiprion ocellaris e Premnas biaculeatus. Embora a ordem dos gênes tenha sido conservada entre as espécies, identificamos polimorfismos específicos de linhagem e de variedade, como uma deleção de 3 pb no gene nd5, variações de códons em atp6 e cox1, e variabilidade em repetições em tandem nos genes de rRNA 12S/16S e na região de controle (D-loop). As análises filogenéticas baseadas em genes mitocondriais concatenados confirmaram a monofilia de Amphiprioninae e apoiaram a reclassificação taxonômica de P. biaculeatus para o gênero Amphiprion. Entre todos os loci examinados, o citocromo b (cytb) apresentou a maior resolução filogenética. Validamos seu potencial diagnóstico por meio da amplificação e sequenciamento de um fragmento de 927 pb do cytb em juvenis de A. ocellaris, A. percula e A. perideraion, alcançando mais de 99% de identidade com referências específicas no GenBank. Esses resultados estabelecem o cytb como um marcador molecular confiável e de baixo custo para distinguir espécies morfologicamente semelhantes, com aplicações em taxonomia, aquicultura, genética da conservação e fiscalização comercial.